Baugeschichte der Jakobikirche
I. Bauphase: Bau der St. Jakobikirche im 14. Jh.
Die erste schriftliche Nennung der St. Jakobikirche befindet sich in einer Urkunde vom 9.8.1303. Die Nennung lässt den Schluss zu, dass die Kirche zu Beginn des 14. Jh. im Bau war. Man kann von der Fertigstellung des östlichen Teils der Kirche 1321 ausgehen. Noch in den 1340er Jahren wurde intensiv gebaut. Zu einem gewissen Abschluss des Kirchenbaues muss es um 1350 gekommen sein, was aus den Stiftungen für die Glocken der drei Kirchen von 1340 und 1349 und aus der Inschrift von 1351 zu schließen ist, damals erfolgte eine Stiftung von eintausend Ziegelsteinen zum Bau der Kirche. Aus Stiftungen der 1380/90er Jahre geht hervor, dass mit der Errichtung der Kapellenbauten am Langhaus begonnen worden war.
II. Bauphase: Turmumbau und Kapellenanbauten
Ende des 14. und zu Beginn des 15. Jh. wurden auf der Nord- und Südseite der Kirche zwischen die Strebepfeiler die Einsatzkapellen angebaut. Der Turmumbau kann in die 2. Hälfte des 15. Jh. datiert werden. Ende der 1480er Jahre wird er fertiggestellt worden sein. Unter Einbeziehung der westlichen Turmpfeiler des ersten Turmes, die nun die östlichen Pfeiler des neuen Turmes wurden, und Neubau zweier westlicher Pfeiler entstand der neue Turm. Gleichzeitig verlängerte man die Seitenschiffe mit Kapellenbauten nach Westen. Der alte Turmstumpf blieb bis etwa in Höhe der Schluss-Steine des Mittelschiffgewölbes erhalten.
III. Bauphase: Reparaturen des 16. bis 19. Jh.
In den nachfolgenden Jahrhunderten wurden im wesentlichen Reparaturmaßnahmen, die durch Naturkatastrophen oder Kriegseinwirkungen verursacht waren, durchgeführt. Ein Blitzschlag zerstörte 1662 die hölzerne Turmpyramide mitsamt der kleinen Nebentürmchen und das Kirchendach. Das Holzwerk barocken Turmhelms wird dendrochronologisch auf 1678 bestimmt, so dass man die Fertigstellung in die 1680-er Jahre datieren kann.
IV. Bauphase: Umfassende Instandsetzung Mitte des 19. Jh. und Reparaturen bis zum II. Weltkrieg
In den nachfolgenden Jahrhunderten wurden im wesentlichen Reparaturmaßnahmen, die durch Naturkatastrophen oder Kriegseinwirkungen verursacht waren, durchgeführt. Ein Blitzschlag zerstörte 1662 die hölzerne Turmpyramide mitsamt der kleinen Nebentürmchen und das Kirchendach. Das Holzwerk barocken Turmhelms wird dendrochronologisch auf 1678 bestimmt, so dass man die Fertigstellung in die 1680-er Jahre datieren kann.
V. Bauphase: Wiederaufbau und Nutzung bis zur Wende 1989
Am 6.10.1944 wurde die Kirche durch einen Bombentreffer im 11. südlichen Joch und durch Treffer in der Umgebung stark geschädigt. Die Dachdeckung des südlichen Seitenschiffs wurde gänzlich zerstört, über der Westhälfte wurden die oberen Teile der Mauern mitsamt den Gurtbögen, Gewölben, der Balkenlage und der ganzen Dachkonstruktion vernichtet. Nach Kriegsende erfuhr St. Jakobi, wie auch die anderen Kirchen, Plünderungen und Diebstahl. Das Gestühl und Teile der Kapellenschauwände wurden verheizt.
1949 begann man mit ersten Notsicherungsmaßnahmen: Einziehen von eisernen Trägern unterhalb der Kämpferhöhe im Bereich der vier Pfeiler im nördlichen Seitenschiff; Aufstellen von vier Streben im Hauptschiff; maurermäßige Ausbesserung eines Pfeilers im südlichen Seitenschiff. Um den Baugrund zu untersuchen, wurden mehrere Bohrungen durchgeführt; die Grüfte der Seitenschiffe wurden mit Erde und Bauschutt verfüllt und ein 10 m hoher Strebepfeiler an der mittleren Seitenkapelle der Nordfront aufgemauert. 1951 begann man mit dem Wiederaufbau des südlichen Seitenschiffs: Erneuerung und Ergänzung der Mauern und Gurtbögen, Deckung des Seitenschiffdaches mit Schiefer. 1952/53 erfolgte die Einwölbung des Seitenschiffs.
1950-1955 erfolgte der Einbau eines Gemeindesaals, des »Gustav-Adolf-Saals«, im Turm durch Einziehen von kreuzrippengewölbten Zwischendecken. 1959 wurden neue Zug- und Druckanker im Mittelschiff eingebaut. 1961 fanden Reparaturen an einigen Gewölben statt, wobei es zum Einsturz eines Gewölbes der Nordseite kam. 1961 wurde aus statischen Gründen ein Ringanker aus Beton im Turm eingebaut. 1964 brachte man ebenfalls aus Sorge um die Standsicherheit eine Versteifung im Fußboden und den Zementboden ein. Ende der 1960er Jahre wurden die Obergadenfenster verglast. 1969 wurden drei Räume in den Kapellen des südlichen Seitenschiffs als Archiv für das Archivgut der Stralsunder Kirchengemeinden nach Plänen von Dipl.-Ing. Herborn ausgebaut. Man errichtete dafür ein massives Treppenhaus im südlichen Turmbereich, baute eine Zwischendecke und einen neuen Eingang neben dem südlichen Treppenhaus ein. In den 1980er Jahren befand sich in St. Jakobi der kirchliche Bauhof der Pommerschen-Evangelischen Kirche (damals Evangelische Landeskirche Greifswald) im Kirchenschiff. Hinter einer steinernen ca. 5 m hohen Trennwand lagerte im Altarraum das Kunstgut.
VI. Bauphase: Instandsetzung und Umnutzung zur Kulturkirche
Mit der politischen Wende 1989 begann die derzeit noch andauernde Bauphase. Die Maßnahmen wurden gefördert durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz, das Land Mecklenburg-Vorpommern und die Hansestadt Stralsund. Die Wiederherstellung des Äußeren der Kirche ist abgeschlossen.Die Wiederherstellung der Kirche erfolgte in vielen Abschnitten:
| vor 1989 | Instandsetzung des Dachreiters, ermöglicht durch eine Spende |
| 1991–93 | Sofort- und Sicherungsmaßnahmen |
| 1995–96 | Sanierung Turm |
| 1997–2005 | Außensanierung in mehreren Bauabschnitten |
| 2005–07 | Gewölbesanierung im Turmbereich |
| 2005–07 | Ausbau des Gustav-Adolf-Saals zur Studiobühne |
| – parallel dazu liefen seit 1991 mehrere Abschnitte zur Sicherung des Kunstguts – | |
| 2009–12 | Investitionsprogramm „Welterbe erhalten & Zukunft gestalten“: |
| 2009–10 | neuer Fußboden im Chor; Sanierung nordöstliches Seitenschiff |
| 2010–11 | Sanierung der Wand- und Gewölbeflächen im Chor einschl. mittelalterlicher Befundachse |
| 2011–12 | Sanierung Orgelbereich und nordwestliches Seitenschiff (Wand- und Gewölbeflächen) |
| 2012 | Sanierung südliches Seitenschiff, Restaurierungsarbeiten an einem Arkadenbogen (Wandmalereien Apostelzyklus) |
| 2012–13 | Sanierung des zweiten Mittelschiffsjochs von Westen |
| 2014 | Instandsetzung der drei mittleren Mittelschiffsjoche |
| 2015–17 | Programm „Nationale Projekte des Städtebaus“ - Herstellung einer ganzjährig nutzbaren multifunktionalen kulturellen Veranstaltungsstätte einschließlich Instandsetzung der restlichen Joche mit neuem Fußboden. Einlagerung der historischen Grabplatten |
| 2016 | Untersuchung, Konservierung und Restaurierung (von Teilelementen) des Epitaphs Horn von 1643; Untersuchung, Konservierung und Restaurierung des Teilelements einer gotischen Kapellenschranke |
| 2018–20 | Neubau der Orgel durch Kristian Wegscheider, Dresden; Konservierung und Restaurierung des Orgelprospekts von 1741 durch Karsten Püschner, Hartmannsdorf. Durchführung damit zusammenhängender Baumaßnahmen |
| 2019 | Instandsetzung der Glockenanlage (zwei barocke Glocken sind erhalten) |
| 2020 | Austausch der Kesselanlage |
| 2021 | Sicherungsarbeiten nach Turmhahnabsturz; Wiederaufsetzen der Turmspitze mit Hahn und Kugel. |